您有权拆除屋顶光伏，若公司不配合，可依法维权。依据《城乡规划法》，未获审批的光伏需整改拆除，公司不配合将影响您的合法权益，可能导致拆除延迟及额外损失。
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解决公司不配合拆除光伏的问题，常见方式有协商、投诉、起诉。首先尝试与公司协商，无果后向相关部门投诉，仍无法解决则可考虑法律途径起诉。
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光伏拆除遇阻，这样处理：1.与公司协商，明确拆除意愿和原因；2.若协商无果，向光伏安装监管部门投诉；3.投诉无效时，收集证据起诉，要求配合拆除并赔偿损失。