公司因非劳动者原因停工，应按照《工资支付暂行规定》支付工资。即使工地停工三个月，只要符合规定，公司仍应按合同标准支付工资。若公司超过一个支付周期仍未支付工资，应支付不低于当地最低工资标准。权益受到侵害时，可依法申请劳动仲裁。
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关于公司停工期间的工资问题，根据相关规定，工资支付应依照劳动合同的规定进行。若合同未明确规定停工时的工资支付，一般会结合员工是否提供正常劳动、停工时长等因素，支付最低工资或发放生活费。务必确保处理方式符合《中华人民共和国工资支付暂行规定》的要求。